Freski
Cylindryczne sklepienia nawy środkowej i jej ściany u góry są ozdobione wspaniałymi freskami z końca XVIII wieku. Uznaje się, że autorem malowideł ściennych jest dominikański malarz Krzysztof Połubiński. Malowidła zostały wykonane techniką suchego fresku (al secco). Do dekoracji sklepienia zastosowano popularny wówczas sposób malarstwa iluzyjnego: figury są rozłożone na tle architektonicznym, które optycznie przedłuża lub otwiera przestrzeń kościoła. Na freskach została przedstawiona ciekawa, rzadko stosowana w sztuce sakralnej WKL, legenda o znalezieniu i podwyższeniu Krzyża Świętego. Jest to jedyny na Litwie przykład malarstwa ściennego o tej tematyce. Temat Krzyża Świętego na freskach jest powiązany z innymi tematami działalności publicznej Chrystusa i Najświętszego Serca Jezusowego. Sklepienie w prezbiterium zdobi alegoryczna scena „Adoracja Najświętszego Serca Jezusowego”, a w części nawowej wkomponowane są trzy główne sceny „historyczne”, przedstawiające najważniejsze epizody z legendy o Krzyżu Świętym: „Bitwa Konstantyna Wielkiego z Maksencjuszem”, „Św. Helena znajduje prawdziwy krzyż” i „Podwyższenie Krzyża Świętego”. Wszystkie te sceny są ukazane na mistrzowsko wykonanym tle architektury iluzyjnej. Przed oczami wierzących otwierają się obrazy panoramiczne, nawiązujące do początków chrześcijaństwa oraz opowiadające o odnalezieniu i wysławianiu cudownego, prawdziwego, niosącego życie krzyża. Poprzez wizerunek Serca Jezusowego przypominają one o prawdziwym sensie ofiary krzyża, łącząc w ten sposób pięknie obrazy historyczne z wiszącą w Wielkim Ołtarzu figurą Ukrzyżowanego.
Osiem mniejszych kompozycji jest rozmieszczonych na lunetach sklepień. Są na nich przedstawione sceny z życia i działalności Chrystusa, jak też dokonanych przez niego cudów („Chrystus w domu Szymona”, „Kobiety przy grobie Chrystusa”, „Chrystus i cudzołożnica”, „Wyrzucenie handlarzy ze świątyni”, „Uzdrowienie dwóch niewidomych”, „Wskrzeszenie Łazarza”, „Kazanie na górze”) oraz kompozycja alegoryczna „Naśladowanie Chrystusa”.
Zdaniem historyka sztuki Rimantė Meldytė, która badała freski w kościele pw. Odnalezienia Krzyża Świętego, do powstania programu ideowego malowideł ściennych przyczynił się biskup wileński Ignacy Jakub Massalski (1726–1794), który w 1776 r. był organizatorem obchodów roku jubileuszowego w diecezji wileńskiej. Tak więc freski kościelne swoją tematyką i ideami nie tylko odzwierciedlają typowy dla dominikanów temat Jezusa cierpiącego, są związane nie tylko z programem Drogi Krzyżowej, ale również z szerszym kontekstem życia religijnego końca XVIII wieku. Oddźwięk w nich znalazły tematy odpustów, ogłaszanych w kazaniach z okazji jubileuszu, odnowienia życia duchowego, a także rosnącego wówczas kultu Najświętszego Serca Jezusowego oraz Jezusa Miłosiernego.